O LAGEM foi criado em março de 2003 após reestruturação do antigo LAFIMEG. Esse último havia sido criado em outubro de 1999 com recursos da UFSCAR e FAPESP. Desde a sua criação o LAGEM tem enfocado seus esforços na diagnose de doenças, com a implantação em 2004 do exame diagnóstico de Gomose e Clorose Variegada em citros, atendendo à demanda do setor produtivo que necessitava se adequar à legislação estadual de comercialização de mudas cítricas. Em 2008, ampliou os seus serviços atendendo os produtores de cana-de-açúcar, com serviço de diagnose de raquitismo-das-soqueiras, a principal doença da cultura. Em 2009 obteve junto ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, o credenciamento para realizar na área de diagnóstico fitossanitário (Portaria 34 do MAPA, 05/02/09). Também nesse ano, iniciou o exame diagnóstico de HLB (Greening), que atualmente é a principal doença dos citros. Atualmente seu escopo engloba também escaldadura-das-folhas e ferrugem da cana-de-açúcar